根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕19号）和《中共南通市委、南通市人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（通委〔2010〕19号），设立市铁路办公室，为市政府直属正处级事业机构。、
主要职责
（一）根据全市国民经济和社会发展计划及省铁路规划，组织拟订全市铁路和轨道交通的发展战略、中长期规划和年度计划，承担组织实施责任。
（二）贯彻执行国家和省有关铁路建设的方针、政策、法规，结合本市实际，制定铁路工程项目配套实施的具体措施。
（三）组织协调全市铁路和轨道交通建设项目申报立项、勘测设计、专题评估等前期工作。承担全市铁路支线、专用线的行业指导责任。
（四）负责组织铁路项目征地拆迁工作，协调解决相关问题。
（五）负责对铁路及其相关工程质量保障体系进行监督检查，及时掌握施工进度情况。
（六）配合做好铁路运输工作，负责铁路运输和其他运输方式的联运协调。
（七）负责对全市铁路安全管理实施督查，指导和协调铁路治安综合治理。
（八）协助铁路营运部门做好道口的整顿、改造和管理工作，参与对辖区内铁路道口管理的检查监督。
（九）组织开展火车站站区综合秩序整治和管理工作。
（十）负责全市铁路建设宣传工作，牵头组织铁路系统文明创建工作。
（十一）牵头负责筹措、管理和使用铁路建设资金，指导和督查本系统的财务工作。
（十二）承办市政府交办的其他事项。
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